Notice bibliographique
Résumé
Toluate dioxygenase of Pseudomonas putida mt-2 (TADO(mt2)) and benzoate dioxygenase of Acinetobacter calcoaceticus ADP1 (BADO(ADP1)) catalyze the 1,2-dihydroxylation of different ranges of benzoates. The catalytic component of these enzymes is an oxygenase consisting of two subunits. To investigate the structural determinants of substrate specificity in these ring-hydroxylating dioxygenases, hybrid oxygenases consisting of the alpha subunit of one enzyme and the beta subunit of the other were prepared, and their respective specificities were compared to those of the parent enzymes. Reconstituted BADO(ADP1) utilized four of the seven tested benzoates in the following order of apparent specificity: benzoate > 3-methylbenzoate > 3-chlorobenzoate > 2-methylbenzoate. This is a significantly narrower apparent specificity than for TADO(mt2) (3-methylbenzoate > benzoate approximately 3-chlorobenzoate > 4-methylbenzoate approximately 4-chlorobenzoate >> 2-methylbenzoate approximately 2-chlorobenzoate [Y. Ge, F. H. Vaillancourt, N. Y. Agar, and L. D. Eltis, J. Bacteriol. 184:4096-4103, 2002]). The apparent substrate specificity of the alphaBbetaT hybrid oxygenase for these benzoates corresponded to that of BADO(ADP1), the parent from which the alpha subunit originated. In contrast, the apparent substrate specificity of the alphaTbetaB hybrid oxygenase differed slightly from that of TADO(mt2) (3-chlorobenzoate > 3-methylbenzoate > benzoate approximately 4-methylbenzoate > 4-chlorobenzoate > 2-methylbenzoate > 2-chlorobenzoate). Moreover, the alphaTbetaB hybrid catalyzed the 1,6-dihydroxylation of 2-methylbenzoate, not the 1,2-dihydroxylation catalyzed by the TADO(mt2) parent. Finally, the turnover of this ortho-substituted benzoate was much better coupled to O2 utilization in the hybrid than in the parent. Overall, these results support the notion that the alpha subunit harbors the principal determinants of specificity in ring-hydroxylating dioxygenases. However, they also demonstrate that the beta subunit contributes significantly to the enzyme's function.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».