Ribosomal DNA sequence polymorphism and the delineation of two ascosporic yeast species: Metschnikowia agaves and Starmerella bombicola
Notice bibliographique
Résumé
The relationship between mating success and sequence divergence in the internal transcribed spacer (ITS)/5.8S-D1/D2 rDNA region was examined in isolates tentatively assigned to Metschnikowia agaves and Starmerella bombicola. Both species are haplontic and heterothallic, such that the formation of mature asci can be used as a measure of genetic compatibility. Parsimony haplotype network analysis and mating success confirmed that all known isolates of M. agaves are conspecific. The previously reported D1/D2 polymorphism of five substitutions was not corroborated; the maximum divergence observed between any two strains was three substitutions, four with ITS. Of 39 putative S. bombicola strains, 36 formed an ITS-D1/D2 haplotype network using the 95% criterion. Thirty-five strains could mate with one or more compatible partner. The excluded strains did not mate. Mature asci arose from crosses between individuals differing by as many as five, but not six or seven substitutions in the D1/D2 domain. All strains capable of mating formed mature asci with at least one partner and all network members could be linked to another member by three or fewer substitutions. These results support the use of sequence divergence as a criterion for species delineation, but caution against describing poorly sampled species solely on the basis of that criterion.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».