Evolution of the RNA Polymerase B' Subunit Gene (rpoB') in Halobacteriales: a Complementary Molecular Marker to the SSU rRNA Gene
Notice bibliographique
Résumé
Many prokaryotes have multiple ribosomal RNA operons. Generally, sequence differences between small subunit (SSU) rRNA genes are minor (<1%) and cause little concern for phylogenetic inference or environmental diversity studies. For Halobacteriales, an order of extremely halophilic, aerobic Archaea, within-genome SSU rRNA sequence divergence can exceed 5%, rendering phylogenetic assignment problematic. The RNA polymerase B' subunit gene (rpoB') is a single-copy conserved gene that may be an appropriate alternative phylogenetic marker for Halobacteriales. We sequenced a fragment of the rpoB' gene from 21 species, encompassing 15 genera of Halobacteriales. To examine the utility of rpoB' as a phylogenetic marker in Halobacteriales, we investigated three properties of rpoB' trees: the variation in resolution between trees inferred from the rpoB' DNA and RpoB' protein alignment, the degree of mutational saturation between taxa, and congruence with the SSU rRNA tree. The rpoB' DNA and protein trees were for the most part congruent and consistently recovered two well-supported monophyletic groups, the clade I and clade II haloarchaea, within a collection of less well resolved Halobacteriales lineages. A comparison of observed versus inferred numbers of substitution revealed mutational saturation in the rpoB' DNA data set, particularly between more distant species. Thus, the RpoB' protein sequence may be more reliable than the rpoB' DNA sequence for inferring Halobacteriales phylogeny. AU tests of tree selection indicated the trees inferred from rpoB' DNA and protein alignments were significantly incongruent with the SSU rRNA tree. We discuss possible explanations for this incongruence, including tree reconstruction artifact, differential paralog sampling, and lateral gene transfer. This is the first study of Halobacteriales evolution based on a marker other than the SSU rRNA gene. In addition, we present a valuable phylogenetic framework encompassing a broad diversity of Halobacteriales, in which novel sequences can be inserted for evolutionary, ecological, or taxonomic investigations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
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Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».