Nitrogen acquisition, PEP carboxylase, and cellular pH homeostasis: new views on old paradigms
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT The classic biochemical pH‐stat model of cytosolic pH regulation in plant cells presupposes a pH‐dependent biosynthesis and degradation of organic acids, specifically malic acid, in the cytosol. This model has been used to explain the higher tissue accumulation of organic acids in nitrate (NO 3 – )‐grown, relative to ammonium (NH 4 + )‐grown, plants, the result of proposed cytosolic alkalinization by NO 3 – metabolism, and acidification by NH 4 + metabolism. Here, a critical examination of the model shows that its key assumptions are fundamentally problematic, particularly in the context of the effects on cellular pH of nitrogen source differences. Specifically, the model fails to account for proton transport accompanying inorganic nitrogen transport, which, if considered, renders the H + production of combined transport and assimilation (although not the accumulation) to be equal for NO 3 – and NH 4 + as externally provided N sources. We show that the model's evidentiary basis in total‐tissue mineral ion and organic acid analysis is not directly relevant to subcellular (cytosolic) pH homeostasis, while the analysis of the ionic components of the cytosol is relevant to this process. A literature analysis further shows that the assumed greater activity of the enzyme phosphoenolpyruvate (PEP) carboxylase under nitrate nutrition, which is a key characteristic of the biochemical pH‐stat model as it applies to nitrogen source, is not borne out in numerous instances. We conclude that this model is not tenable in its current state, and propose an alternative model that reaffirms the anaplerotic role of PEP carboxylase within the context of N nutrition, in the production of carbon skeletons for amino acid synthesis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,017 |
| Communication savante | 0,007 | 0,025 |
| Science ouverte | 0,004 | 0,005 |
| Intégrité de la recherche | 0,006 | 0,008 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».