Control of ubiquitination of proteins in rat tissues by ubiquitin conjugating enzymes and isopeptidases
Notice bibliographique
Résumé
The activity of the ubiquitin-dependent proteolytic system in differentiated tissues under basal conditions remains poorly explored. We measured rates of ubiquitination in rat tissue extracts. Accumulation of ubiquitinated proteins increased in the presence of ubiquitin aldehyde, indicating that deubiquitinating enzymes can regulate ubiquitination. Rates of ubiquitination varied fourfold, with the highest rate in the testis. We tested whether ubiquitin-activating enzyme (E1) or ubiquitin-conjugating enzymes (E2s) could be limiting for conjugation. Immunodepletion of the E2s UBC2 or UBC4 lowered rates of conjugation similarly. Supplementation of extracts with excess UBC2 or UBC4, but not E1, stimulated conjugation. However, UBC2-stimulated rates of ubiquitination still differed among tissues, indicating that tissue differences in E3s or substrate availability may also be rate controlling. UBC2 and UBC4 stimulated conjugation half-maximally at concentrations of 10-50 and 28-44 nM, respectively. Endogenous tissue levels of UBC2, but not UBC4, appeared saturating for conjugation, suggesting that in vivo modulation of UBC4 levels can likely control ubiquitin conjugation. Thus the pool of ubiquitin conjugates and therefore the rate of degradation of proteins by this system may be controlled by E2s, E3s, and isopeptidases. The regulation of the ubiquitin pathway appears complex, but precise.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».