A Population Genomics Study of the<i>Arabidopsis</i>Core Cell Cycle Genes Shows the Signature of Natural Selection
Notice bibliographique
Résumé
Large-scale comparison of sequence polymorphism and divergence at numerous genomic loci within and between closely related species can reveal signatures of natural selection. Here, we present a population genomics study based on direct sequencing of 61 mitotic cell cycle genes from 30 Arabidopsis thaliana accessions and comparison of the resulting data to the close relative Arabidopsis lyrata. We found that the Arabidopsis core cell cycle (CCC) machinery is not highly constrained but is subject to different modes of selection. We found patterns of purifying selection for the cyclin-dependent kinase (CDK), CDK subunit, retinoblastoma, and WEE1 gene families. Other CCC gene families often showed a mix of one or two constrained genes and relaxed purifying selection on the other genes. We found several large effect mutations in CDKB1;2 that segregate in the species. We found a strong signature of adaptive protein evolution in the Kip-related protein KRP6 and departures from equilibrium at CDKD;1 and CYCA3;3 consistent with the operation of selection in these gene regions. Our data suggest that within Arabidopsis, the genetic robustness of cell cycle-related processes is more due to functional redundancy than high selective constraint.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».