Epigenetic changes in the DAP‐kinase CpG island in pediatric lymphoma
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Hypermethylation of CpG islands in the promoter region of death-associated protein kinase (DAP-kinase) coupled with the loss of gamma-interferon-induced apoptosis have been reported in B-cell malignancies suggesting a role in pathogenesis or prognosis. Along with B-cell malignancies, pediatric lymphomas also include T-cell non-Hodgkin lymphoma (NHL), anaplastic large cell lymphoma, and Hodgkin disease, each with unique prognoses. The purpose of this study was to elucidate epigenetic changes in the DAP-kinase promoter region of pediatric cases to determine associations with aberrant hypermethylation. PROCEDURES: Thirty-nine cases of different lymphoid pathology [10 Burkitt lymphoma, 1 B-cell NHL; 7 T-cell lymphoblastic lymphoma; 4 anaplastic large cell lymphoma (LCL); 2 B-cell LCL; 14 nodular sclerosing Hodgkin disease (NSHD); and 1 B-cell acute lymphoblastic leukemia (ALL)] had methylation-specific polymerase chain reaction performed on bisulfite-treated DNA, which distinguishes the methylation status of the promoter region, and DAP-kinase mRNA expression assays performed on available specimens. RESULTS: In normal lymphocytes, the CpG islands in the promoter region were unmethylated, as were the T-cell lymphoblastic lymphoma and anaplastic LCL. In contrast, 100% of the Burkitt lymphoma (10/10) and B-cell ALL (1/1) were hypermethylated. Of the specimens with mRNA available, 7/8 Burkitt lymphoma had no DAP-kinase mRNA expression compared to normal expression in 3/3 and 4/4 T-cell lymphoblastic lymphoma and NSHD, respectively. CONCLUSIONS: In these pediatric lymphoid tumors, hypermethylation of the DAP-kinase promoter region with associated loss of DAP-kinase gene expression was associated with B-cell malignancies and thus may be important in the development and/or provide a prognostic tool in B- cell lymphomas.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».