Poplar defense against insects: genome analysis, full‐length cDNA cloning, and transcriptome and protein analysis of the poplar Kunitz‐type protease inhibitor family
Notice bibliographique
Résumé
*Kunitz protease inhibitors (KPIs) feature prominently in poplar defense responses against insects. The increasing availability of genomics resources enabled a comprehensive analysis of the poplar (p)KPI family. *Using genome analysis, expressed sequence tag (EST) mining and full-length (FL)cDNA cloning we established an inventory and phylogeny of pKPIs. Microarray and real-time PCR analyses were used to profile pKPI gene expression following real or simulated insect attack. Proteomics of insect midgut content was used to monitor stability of pKPI protein. *We identified 31 pKPIs in the genome and validated gene models by EST mining and cloning of 41 unique FLcDNAs. Genome organization of the pKPI family, with six poplar-specific subfamilies, suggests that tandem duplications have played a major role in its expansion. pKPIs are expressed throughout the plant and many are strongly induced by insect attack, although insect-specific signals seem initially to suppress the tree pKPI response. We found substantial peptide coverage for a potentially intact pKPI protein in insect midgut after eating poplar leaves. *These results highlight the complexity of an important defense gene family in poplar with regard to gene family size, differential constitutive and insect-induced gene expression, and resilience of at least one pKPI protein to digestion by herbivores.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».