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Enregistrement W2143602377 · doi:10.1038/sj.bjc.6605416

Evaluation of a candidate breast cancer associated SNP in ERCC4 as a risk modifier in BRCA1 and BRCA2 mutation carriers. Results from the Consortium of Investigators of Modifiers of BRCA1/BRCA2 (CIMBA)

2009· article· en· W2143602377 sur OpenAlexafffund
Ana Osório, Roger L. Milne, Guillermo Pita, Paolo Peterlongo, Tuomas Heikkinen, Jacques Simard, Georgia Chenevix‐Trench, Amanda B. Spurdle, Jonathan Beesley, X. Chen, Sue Healey, Susan L. Neuhausen, Yuan Chun Ding, Fergus J. Couch, X. Wang, Noralane M. Lindor, Siranoush Manoukian, Monica Barile, Alessandra Viel, Laura Tizzoni, Csilla I. Szabo, Lenka Foretová, Michal Zikán, Kathleen Claes, Mark H. Greene, PL Mai, Gad Rennert, Flavio Lejbkowicz, Ofra Barnett‐Griness, Irene L. Andrulis, H Ozçelik, Nayana Weerasooriya, Mads Thomassen, D. G. Crüger, Maria A. Caligo, Eitan Friedman, Bella Kaufman, Yael Laitman, S. I. Cohen, Tair Kontorovich, Ruth Gershoni‐Baruch, Efrat Dagan, Helena Jernström, Marie Stenmark Askmalm, Brita Arver, Beatrice Malmer, Susan M. Domchek, Katherine L. Nathanson, Joan Brunet, Teresa Ramón y Cajal, Drakoulis Yannoukakos, Ute Hamann, Frans B.L. Hogervorst, Senno Verhoef, E. Gómez, Juul Wijnen, A. van den Ouweland, Douglas F. Easton, S. Peock, Mark Cook, Clare T Oliver, D Frost, Craig Luccarini, D. Gareth Evans, Fiona Lalloo, Rosalind A. Eeles, Gabriella Pichert, Jackie Cook, Shirley Hodgson, Patrick J. Morrison, Gillian Douglas, Andrew K. Godwin, Olga M. Sinilnikova, Laure Barjhoux, Dominique Stoppa‐Lyonnet, Virginie Moncoutier, Sophie Giraud, Carina Cassini, Laurence Olivier-Faivre, Françoise Révillion, J-P Peyrat, D Müller, J-P Fricker, Henry T. Lynch, Esther M. John, Saundra S. Buys, Mary B. Daly, John L. Hopper, Mary Beth Terry, Alexander Miron, Yosuf Yassin, David E. Goldgar, Christian F. Singer, Daphne Gschwantler‐Kaulich, Georg Pfeiler, A.-C. Spiess, Thomas van Overeem Hansen, Oskar T. Johannsson, Tomas Kirchhoff, Kenneth Offit, Kristi Kosarin, Marion Piedmonte, Gustavo C. Rodriguez, Katie Wakeley, John F. Boggess, Jack Basil, Peter E. Schwartz, Stephanie V. Blank, Amanda E. Toland, Marco Montagna, Cinzia Casella, Evgeny N. Imyanitov, Anna Allavena, Rita K. Schmutzler, Beatrix Versmold, Christoph Engel, A Meindl, Nina Ditsch, Norbert Arnold, Dieter Niederacher, Heidrun L. Deissler, Britta Fiebig, Raymonda Varon-Mateeva, D Schaefer, Ursula G. Froster, Trinidad Caldés, Miguel de la Hoya, Lesley McGuffog, Antonis C. Antoniou, Heli Nevanlinna, Paolo Radice, Javier Benı́tez

Notice bibliographique

RevueBritish Journal of Cancer · 2009
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBRCA gene mutations in cancer
Établissements canadiensCancer Care OntarioMount Sinai HospitalUniversité LavalLunenfeld-Tanenbaum Research InstituteCentre hospitalier universitaire de Québec
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteNational Health and Medical Research CouncilNational Institutes of HealthFondazione Italiana per la Ricerca sul CancroUniversità degli Studi di TorinoRadboud Universitair Medisch CentrumDeutsche KrebshilfeMedical Research Councillékařská fakulta Univerzity KarlovyLeids Universitair Medisch CentrumAssociazione Italiana per la Ricerca sul CancroOdense UniversitetshospitalLunds UniversitetVlaamse regeringSahlgrenska UniversitetssjukhusetErasmus Medisch CentrumVrije Universiteit AmsterdamUniversiteit LeidenAarhus UniversitetshospitalNational Institute for Health and Care ResearchRussian Foundation for Basic ResearchKWF KankerbestrijdingCancer Research UKUniversité LavalRoyal Marsden NHS Foundation TrustCompagnia di San PaoloHuntsman Cancer InstituteNational Breast Cancer FoundationBreast Cancer Research FoundationIstituto Oncologico VenetoAarhus UniversitetUniverzita Karlova v PrazeAlleanza Contro il CancroUppsala UniversitetMinistero dell’Istruzione, dell’Università e della RicercaMemorial Sloan-Kettering Cancer CenterInstituto de Salud Carlos IIIRadboud UniversiteitOhio State UniversityCanadian Institutes of Health ResearchFonds Wetenschappelijk OnderzoekUniversiteit GentUniversity of PennsylvaniaMinistero della SaluteAkademiska SjukhusetCancer Care Ontario
Mots-clésBreast cancerOncologyMedicineBRCA mutationSNPInternal medicineAllelePopulationMutationCancerBRCA2 ProteinGenotypeGeneticsBiologySingle-nucleotide polymorphismGermline mutationGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: In this study we aimed to evaluate the role of a SNP in intron 1 of the ERCC4 gene (rs744154), previously reported to be associated with a reduced risk of breast cancer in the general population, as a breast cancer risk modifier in BRCA1 and BRCA2 mutation carriers. METHODS: We have genotyped rs744154 in 9408 BRCA1 and 5632 BRCA2 mutation carriers from the Consortium of Investigators of Modifiers of BRCA1/2 (CIMBA) and assessed its association with breast cancer risk using a retrospective weighted cohort approach. RESULTS: We found no evidence of association with breast cancer risk for BRCA1 (per-allele HR: 0.98, 95% CI: 0.93-1.04, P = 0.5) or BRCA2 (per-allele HR: 0.97, 95% CI: 0.89-1.06, P = 0.5) mutation carriers. CONCLUSION: This SNP is not a significant modifier of breast cancer risk for mutation carriers, though weak associations cannot be ruled out.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,004
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,007
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,019

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0040,007
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,018
Tête enseignante GPT0,304
Écart entre enseignants0,285 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations14
Publié2009
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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