H1N1-influenza as Lazarus: Genomic resurrection from the tomb of an unknown
Notice bibliographique
Résumé
The 1918–1919 pandemic of H1N1 virus influenza was the greatest acute plague of the 20th century. Incurring over 20 million human fatalities, however, was not a good strategy for sustaining the evolutionary fitness of the virus, because it is no longer extant; whereas, say, measles and chickenpox remain with us with no evidence of remarkable genetic change, although this may become more evident if they were to face total or near eradication through vaccination programs. The folly of flu virulence remains our chagrin, because the threat always looms over us that this family of viruses, endemic in birds, again may generate human-lethal gene reassortments. We had valid scares about that contingency with the appearance of H5N1 variant flu in Hong Kong just 3 years ago. Influenza can be regarded as a zoonosis prevalent in birds, many of them world travelers, with occasional outbreaks in humans and other animals mainly rooted in nature's own experiments in genetic engineering. Special importance is attached to reassortments between bird- and human-adapted strains most likely to occur in habitats with close contact between birds, e.g., ducks, humans, and swine (as a mixing reservoir; ref. 1). For these reasons, high urgency attaches to efforts to resurrect genetic information about the singularities of H1N1–1918. The intact virus is nowhere to be found, but genomic fragments can still be detected sensitively and diagnosed. Exemplifying the latest technical advances in the use of DNA amplification, reverse-transcriptase–PCR (RT-PCR), Jeffery Taubenberger and his associates at the Armed Forces Institute of Pathology initiated the tour de force of recovering sequences of flu from paraffin-embedded pathological specimens preserved since 1918 in the AFIP collections (2). These sources then were augmented by samples from frozen remains of an Inuit woman who succumbed to the flu in 1918 and was buried in permafrost at Brevig …
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».