Measurement of islet cell antibodies in the Type 1 Diabetes Genetics Consortium: efforts to harmonize procedures among the laboratories
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: and PURPOSE: Three network laboratories measured antibodies to islet autoantigens. Antibodies to glutamic acid decarboxylase (GAD65 [GADA]) and the intracellular portion of protein tyrosine phosphatase (IA-2(ic) [IA-2A]) were measured by similar, but not identical, methods in samples from participants in the Type 1 Diabetes Genetics Consortium (T1DGC). METHODS: All laboratories used radiobinding assays to detect antibodies to in vitro transcribed and translated antigen, but with different local standards, calibrated against the World Health Organization (WHO) reference reagent. Using a common method to calculate WHO units/mL, we compared results reported on samples included in the Diabetes Autoantibody Standardization Program (DASP), and developed standard methods for reporting in WHO units/mL. We evaluated intra-assay and inter-assay coefficient of variation (CV) in blind duplicate samples and assay comparability in four DASP workshops. RESULTS: Values were linearly related in the three laboratories for both GADA and IA-2A, and intra-assay technical errors for values within the standard curve were below 13% for GADA and below 8.5% for IA-2A. Correlations in samples tested 1-2 years apart were >97%. Over the course of the study, internal CVs were 10-20% with one exception, and the laboratories concordantly called samples GADA or IA-2A positive or negative in 96.7% and 99.6% of duplicates within the standard curve. Despite acceptable CVs and general concordance in ranking samples, the laboratories differed markedly in absolute values for GADA and IA-2A reported in WHO units/mL in DASP over a large range of values. LIMITATIONS: With three laboratories using different assay methods (including calibrators), consistent values among them could not be attained. CONCLUSIONS: Modifications in the assays are needed to improve comparability of results expressed as WHO units/mL across laboratories. It will be essential to retain high intra- and inter-assay precision, sensitivity and specificity and to confirm the accuracy of harmonized methods.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,353 | 0,243 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,009 | 0,008 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,004 |
| Communication savante | 0,005 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,007 | 0,006 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; l’étiquette directe de Gemma et le classifieur distillé Codex s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».