Efficient parameterization of torsional terms for force fields
Notice bibliographique
Résumé
A novel method is presented for fitting force-field dihedral angles using an ensemble of structures generated from an ab initio Monte Carlo simulation. Importance sampling is used to achieve an efficient algorithm using a low level of theory to minimize the system at each step with the dihedral angles constrained, followed by dihedral fitting using the single point energies at a higher level of theory. The resulting method is an order of magnitude more efficient than the traditional method of doing a constrained scan over each dihedral independently. Also as the sampling is more uniformly distributed, the full surface is approximated to a greater accuracy. The dihedral fitting is done with a nonlinear optimization method to vary the phase as well as the force constant. The utility of the method is demonstrated by fitting dihedrals of methyl L-lactate, diisopropyl fluorophosphate, isopentenyl phosphate, a leucine dipeptide, and two inhibitors of Signal Transducer and Activator of Transcription 5. The results show that the Monte Carlo scheme is more efficient than constrained scans and is particularly effective at approximating the underlying potential energy surface when the dihedral degrees are coupled.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».