Characterization of the lipopolysaccharide from Pasteurella multocida Heddleston serovar 9: Identification of a proposed bi-functional dTDP-3-acetamido-3,6-dideoxy- -D-glucose biosynthesis enzyme
Notice bibliographique
Résumé
Pasteurella multocida strains are classified into 16 different lipopolysaccharide (LPS) serovars using the Heddleston serotyping scheme. Ongoing studies in our laboratories on the LPS aim to determine the core oligosaccharide (OS) structures expressed by each of the Heddleston type strains and identify the genes and transferases required for the biosynthesis of the serovar-specific OSs. In this study, we have determined the core OS of the LPS expressed by the Heddleston serovar 9 type strain, P2095. Structural information was established by a combination of monosaccharide and methylation analyses, nuclear magnetic resonance spectroscopy and mass spectrometry revealing the following structure: . The serovar 9 OS contains an inner core that is conserved among P. multocida strains with an elaborate outer core extension containing rhamnose (Rha), a D-glycero-D-manno isomer of heptose, and the unusual deoxyamino sugar, 3-acetamido-3,6-dideoxy-α-D-glucose (Qui3NAc). Genetic analyses of the LPS outer core biosynthesis locus revealed that in addition to the glycosyltransferases predicted to transfer the sugars to the nascent LPS molecule, the locus also contained the complete set of genes required for the biosynthesis of the nucleotide sugar donors dTDP-Rha and dTDP-Qui3NAc. One of the genes identified as part of the dTDP-Qui3NAc biosynthesis pathway, qdtD, encodes a proposed bi-functional enzyme with N-terminal amino acid identity to dTDP-4-oxo-6-deoxy-D-glucose-3,4-oxoisomerase and C-terminal amino acid identity to dTDP-3-oxo-6-deoxy-α-D-glucose transacetylase.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».