Amplification of the 23S rRNA gene and its application in differentiation and detection of phytoplasmas
Notice bibliographique
Résumé
The 23S rRNA gene from phytoplasmas was amplified by using the oligonucleotide primer pair P23S5F3 (5'-GTGGATGCCTTGGCACTAAGAGCC-3') and A23S3R3 (5'-ACTTACACACCTGGCCTATCAACC-3'), designed from the conserved 23S rRNA gene sequences of various mollicutes identified in GenBank. The amplified product from a representative phytoplasma strain, eastern X-disease (CX) phytoplasmas, was sequenced and found to be 2798 base pairs in size, with a G + C content of 44.5%, representing about 97% of the entire length of the 23S rRNA gene. The product was confirmed to include a 23S rRNA gene by sequence homology between the amplified fragment and the 23S rRNA genes of other mollicutes and walled bacteria. The 23S rRNA gene from CX phytoplasmas has higher sequence homologies with genes of 23S rRNA from other bacteria (72.6-74.7%) than with those from mollicutes (68.9-71.1%). The primer pair was used to successfully amplify the 23S rRNA gene sequences from phytoplasma strains belonging to 10 different groups or subgroups, but no polymerase chain reaction products were amplified from DNA preparations from healthy plants, suggesting that the primer pair is useful for phytoplasma detection. The 23S rRNA genes of these phytoplasmas were compared by restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis using four DNA restriction enzymes, Alu I, Hpa II, Mse I, and Rsa I. Among the phytoplasmas examined, each phytoplasma group showed a unique RFLP pattern with each of four enzymes. CX phytoplasmas, western X-disease (WX) phytoplasmas, goldenrod yellows (GR1) phytoplasmas, and chokecherry X-disease (ChX) phytoplasmas had identical RFLP patterns using all four enzymes, supporting previous reports that they belong to a single group.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».