Identification of Alternative Splicing Markers for Breast Cancer
Notice bibliographique
Résumé
Breast cancer is the most common cause of cancer death among women under age 50 years, so it is imperative to identify molecular markers to improve diagnosis and prognosis of this disease. Here, we present a new approach for the identification of breast cancer markers that does not measure gene expression but instead uses the ratio of alternatively spliced mRNAs as its indicator. Using a high-throughput reverse transcription-PCR-based system for splicing annotation, we monitored the alternative splicing profiles of 600 cancer-associated genes in a panel of 21 normal and 26 cancerous breast tissues. We validated 41 alternative splicing events that significantly differed in breast tumors relative to normal breast tissues. Most cancer-specific changes in splicing that disrupt known protein domains support an increase in cell proliferation or survival consistent with a functional role for alternative splicing in cancer. In a blind screen, a classifier based on the 12 best cancer-associated splicing events correctly identified cancer tissues with 96% accuracy. Moreover, a subset of these alternative splicing events could order tissues according to histopathologic grade, and 5 markers were validated in a further blind set of 19 grade 1 and 19 grade 3 tumor samples. These results provide a simple alternative for the classification of normal and cancerous breast tumor tissues and underscore the putative role of alternative splicing in the biology of cancer.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».