The RNA Polymerase II Kinase Ctk1 Regulates Positioning of a 5′ Histone Methylation Boundary along Genes
Notice bibliographique
Résumé
In yeast and other eukaryotes, the histone methyltransferase Set1 mediates methylation of lysine 4 on histone H3 (H3K4me). This modification marks the 5' end of transcribed genes in a 5'-to-3' tri- to di- to monomethyl gradient and promotes association of chromatin-remodeling and histone-modifying enzymes. Here we show that Ctk1, the serine 2 C-terminal domain (CTD) kinase for RNA polymerase II (RNAP II), regulates H3K4 methylation. We found that CTK1 deletion nearly abolished H3K4 monomethylation yet caused a significant increase in H3K4 di- and trimethylation. Both in individual genes and genome-wide, loss of CTK1 disrupted the H3K4 methylation patterns normally observed. H3K4me2 and H3K4me3 spread 3' into the bodies of genes, while H3K4 monomethylation was diminished. These effects were dependent on the catalytic activity of Ctk1 but are independent of Set2-mediated H3K36 methylation. Furthermore, these effects are not due to spurious transcription initiation in the bodies of genes, to changes in RNAP II occupancy, to changes in serine 5 CTD phosphorylation patterns, or to "transcriptional stress." These data show that Ctk1 acts to restrict the spread of H3K4 methylation through a mechanism that is independent of a general transcription defect. The evidence presented suggests that Ctk1 controls the maintenance of suppressive chromatin in the coding regions of genes by both promoting H3K36 methylation, which leads to histone deacetylation, and preventing the 3' spread of H3K4 trimethylation, a mark associated with transcriptional initiation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».