Structural, evolutionary and functional analysis of the<scp>NAC</scp>domain protein family in<i>Eucalyptus</i>
Notice bibliographique
Résumé
NAC domain transcription factors regulate many developmental processes and stress responses in plants and vary widely in number and family structure. We analysed the characteristics and evolution of the NAC gene family of Eucalyptus grandis, a fast-growing forest tree in the rosid order Myrtales. NAC domain genes identified in the E. grandis genome were subjected to amino acid sequence, phylogenetic and motif analyses. Transcript abundance in developing tissues and abiotic stress conditions in E. grandis and E. globulus was quantified using RNA-seq and reverse transcription quantitative PCR (RT-qPCR). One hundred and eighty-nine E. grandis NAC (EgrNAC) proteins, arranged into 22 subfamilies, are extensively duplicated in subfamilies associated with stress response. Most EgrNAC genes form tandem duplicate arrays that frequently carry signatures of purifying selection. Sixteen amino acid motifs were identified in EgrNAC proteins, eight of which are enriched in, or unique to, Eucalyptus. New candidates for the regulation of normal and tension wood development and cold responses were identified. This first description of a Myrtales NAC domain family reveals an unique history of tandem duplication in stress-related subfamilies that has likely contributed to the adaptation of eucalypts to the challenging Australian environment. Several new candidates for the regulation of stress, wood formation and tree-specific development are reported.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».