Structural, evolutionary and functional analysis of the<scp>NAC</scp>domain protein family in<i>Eucalyptus</i>
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Notice bibliographique
Résumé
NAC domain transcription factors regulate many developmental processes and stress responses in plants and vary widely in number and family structure. We analysed the characteristics and evolution of the NAC gene family of Eucalyptus grandis, a fast-growing forest tree in the rosid order Myrtales. NAC domain genes identified in the E. grandis genome were subjected to amino acid sequence, phylogenetic and motif analyses. Transcript abundance in developing tissues and abiotic stress conditions in E. grandis and E. globulus was quantified using RNA-seq and reverse transcription quantitative PCR (RT-qPCR). One hundred and eighty-nine E. grandis NAC (EgrNAC) proteins, arranged into 22 subfamilies, are extensively duplicated in subfamilies associated with stress response. Most EgrNAC genes form tandem duplicate arrays that frequently carry signatures of purifying selection. Sixteen amino acid motifs were identified in EgrNAC proteins, eight of which are enriched in, or unique to, Eucalyptus. New candidates for the regulation of normal and tension wood development and cold responses were identified. This first description of a Myrtales NAC domain family reveals an unique history of tandem duplication in stress-related subfamilies that has likely contributed to the adaptation of eucalypts to the challenging Australian environment. Several new candidates for the regulation of stress, wood formation and tree-specific development are reported.
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Prédiction distillée sur la base complète
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle