Acquiring DNA sequence data from dried archival red algae (Florideophyceae) for the purpose of applying available names to contemporary genetic species: a critical assessment
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Two DNA extraction protocols and nine variations of advocated DNA barcode markers (nuclear LSU D2/D3, ITS1, ITS2, mitochondrial COI-5P, plastid rbcL, UPA) were assessed for their abilities to yield species-level resolution from archival collections of red algae. With the exception of LSU D2/D3, all markers trialed displayed the potential to resolve red algal species. However, shortened COI-5P (COIms) and ITS (ITS2r) markers displayed four to five times the intrageneric divergence of shortened plastid markers and are preferred for their resolving power. For recent archival samples (4–11 years), COIms, ITS2r, and UPA displayed >90% amplification success. However, success rates declined rapidly as samples ranging in age from ca. 45–180 years old were tested. Further, contamination was a serious concern in reamplifications (partially nested PCR), especially for markers using universal primers (e.g., UPA) and for trials that employed the best extraction procedure, i.e., the better an extraction protocol is at isolating small DNA fragments from archival material, the better it is at acquiring small contaminating fragments from the laboratory — an intuitive and unfortunate reality. The ramifications of our results for ongoing attempts to extract DNA from archival red algal collections using PCR-based protocols is discussed along with recommendations to improve the likelihood of authentic outcomes.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle