Notice bibliographique
Résumé
We performed threefold shotgun sequencing of the silkworm (Bombyx mori) genome to obtain a draft sequence and establish a basic resource for comprehensive genome analysis. By using the newly developed RAMEN assembler, the sequence data derived from whole-genome shotgun (WGS) sequencing were assembled into 49,345 scaffolds that span a total length of 514 Mb including gaps and 387 Mb without gaps. Because the genome size of the silkworm is estimated to be 530 Mb, almost 97% of the genome has been organized in scaffolds, of which 75% has been sequenced. By carrying out a BLAST search for 50 characteristic Bombyx genes and 11,202 non-redundant expressed sequence tags (ESTs) in a Bombyx EST database against the WGS sequence data, we evaluated the validity of the sequence for elucidating the majority of silkworm genes. Analysis of the WGS data revealed that the silkworm genome contains many repetitive sequences with an average length of <500 bp. These repetitive sequences appear to have been derived from truncated transposons, which are interspersed at 2.5- to 3-kb intervals throughout the genome. This pattern suggests that silkworm may have an active mechanism that promotes removal of transposons from the genome. We also found evidence for insertions of mitochondrial DNA fragments at 9 sites. A search for Bombyx orthologs to Drosophila genes controlling sex determination in the WGS data revealed 11 Bombyx genes and suggested that the sex-determining systems differ profoundly between the two species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».