Method for identifying the phosphorylation site of Maize Starch Synthase I
Notice bibliographique
Résumé
Multiple forms of starch synthases (EC 2.4.1.21) are critical for the synthesis of starch in higher plants. These enzymes catalyze the extension of linear glucan chains by the transfer of glucose from the nucleotide sugar ADPglucose. Recombinant maize starch synthase I (rSSI) was purified from Escherichia coli in order to study the regulation of this enzyme by protein phosphorylation. The rSSI was phosphorylated in vitro by incubation with [γ 32P]-ATP and maize amyloplast lysates, which were used as a source of protein kinase. Maximal phosphorylation of rSSI was achieved within 20 minutes, and there was no noticeable change in the amount of phosphorylation beyond this time. Phosphoamino acid analysis of rSSI indicated phosphorylation of one or more serine residues. In order to purify and identify the phosphopeptides, phosphorylated rSSI was digested with trypsin to yield smaller peptides, which were then concentrated using Immobilized Metal Affinity Chromatography (IMAC). Potential phosphopeptides eluting from the IMAC column were purified and putatively identified using reversed phase (C18 column) High Pressure Liquid Chromatography (HPLC). They were then analyzed by mass spectrometry using Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization-Time of Flight (MALDI-TOF) which yielded the mass of potential phosphopeptides.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,008 | 0,006 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».