Regulatory RNA as Mediator in GacA/RsmA-Dependent Global Control of Exoproduct Formation in<i>Pseudomonas fluorescens</i>CHA0
Notice bibliographique
Résumé
In Pseudomonas fluorescens CHA0, an antagonist of root-pathogenic fungi, the GacS/GacA two-component system tightly controls the expression of antifungal secondary metabolites and exoenzymes at a posttranscriptional level, involving the RNA-binding protein and global regulator of secondary metabolism RsmA. This protein was purified from P. fluorescens, and RNA bound to it was converted to cDNA, which served as a probe to isolate the corresponding chromosomal locus, rsmZ. This gene encoded a regulatory RNA of 127 nucleotides and a truncated form lacking 35 nucleotides at the 3' end. Expression of rsmZ depended on GacA, increased with increasing population density, and was stimulated by the addition of a solvent-extractable extracellular signal produced by strain CHA0 at the end of exponential growth. This signal appeared to be unrelated to N-acyl-homoserine lactones. A conserved upstream element in the rsmZ promoter, but not the stress sigma factor RpoS, was involved in rsmZ expression. Overexpression of rsmZ effectively suppressed the negative effect of gacS and gacA mutations on target genes, i.e., hcnA (for hydrogen cyanide synthase) and aprA (for the major exoprotease). Mutational inactivation of rsmZ resulted in reduced expression of these target genes in the presence of added signal. Overexpression of rsmA had a similar, albeit stronger negative effect. These results support a model in which GacA upregulates the expression of regulatory RNAs, such as RsmZ of strain CHA0, in response to a bacterial signal. By a titration effect, RsmZ may then alleviate the repressing activity of RsmA on the expression of target mRNAs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».