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Enregistrement W2145252679 · doi:10.5897/jaerd12.062

Neonectria-canker on trees in Norway

2012· article· en· W2145252679 sur OpenAlexaboutno aff
Venche Talgø

Notice bibliographique

RevueJournal of Agricultural Extension and Rural Development · 2012
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiquePlant Pathogens and Fungal Diseases
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBiologyBotanyCankerPrunusHorticulture

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Neonectria spp. have been found on a number of tree species in Norway. Neonectria ditissimais commonly detected from diseased trees in apple orchards and a N. ditissima–like species has caused an epidemic on white fir (Abies concolor). In Norway, Neonectria spp. attack numerous plant species including true fir (Abies spp.), sycamore maple (Acer pseudoplatanus), alder (Alnus glutinosa) (Figure 1), dogwood (Cornussp.), ash (Fraxinus excelsior), holly (Ilex aquifolium) (Figure 2), apple (Malus × domestica),spruce (Picea abies), poplar (Populus sp.), bird cherry (Prunus padus), pear (Pyrus sp.), and rowan (Sorbus aucuparia). Attacks by Neonectria spp. may result in canker wounds and dieback. Red fruiting bodies (perithecia) containing asci and ascospores are often present. Usually they form clusters that are clearly visible to the naked eye. In culture, Neonectria spp. produce microconidia (Cephalosporium spp.) and macroconidia (Cylindrocarpon cylindrioides). Neonectria-canker is a serious problem in Norwegian apple orchards (Figure 3), and in 2010 we investigated if host plants other than apple trees were potential inoculum sources. We sequenced the internal transcribed spacer (ITS)-regions from Neonectria cultures isolated from apple trees and two other host plants in the rose family (Rosaceae); rowan (S. aucuparia)(Figure 4) and bird cherry (P. padus) (Figure 5). Cultures from all 3 hosts produced floccose, white mycelium. The cultures had identical sequences and they were identical to the sequences of N. ditissima (syn. Neonectria galligena) deposited in GenBank. Inoculation tests have not yet taken place, thus, we have no indications that cross infections take place in nature. Further research is needed to find out if infected rowan or bird cherry in the vicinity of apple orchards may increase the disease pressure. Interestingly, cultures isolated from dying conifers in Norway in 2008 differed from N. ditissimaby five out of the 550 base pairs included in the ITS-sequence. Previously, Neonectria fuckelianahas been reported on spruce species in Norway, and on spruce and fir species in other countries, but N. fuckeliana differs by more than 20 base pairs from the N. ditissima-like isolates we obtained from conifers in 2008. The N. ditissima-like fungus might be a new species related to N. ditissima, possibly imported to Norway. N. ditissima has to our knowledge never been described as a pathogen on conifers, but the N. ditissima-like fungus we isolated from conifers in 2008 was clearly pathogenic. We first discovered a serious disease outbreak on white fir (Abies concolor) in southern Norway (Figure 6), and the N. ditissima-like fungus was isolated from dying trees in two counties in south western and four counties in south eastern Norway. Both old and young trees were dead or dying. The N. ditissima-like fungus was later isolated from Siberian fir (A. sibirica), subalpine fir (A. lasiocarpa), and Norway spruce (Picea abies) in south eastern Norway. Perithecia in canker wounds from the conifer samples were dark around the ostiole. This morphological characteristic is known from N. ditissima, but not from N. fuckeliana. Sequencing showed that all the Neonectria-isolates from different conifer hosts in 2008 were identical in their ITS-region. The cultures were white. Cultures from N. fuckeliana are brownish. N. fuckeliana is common on Norway spruce in our country (Roll-Hansen and Roll-Hansen, 1995), and commonly associated with dieback on white fir in Europe and western North America (Callan, 1997). In Canada, N. fuckeliana caused dieback on subalpine fir (A. lasiocarpa) (Funk, 1981). Inoculation tests with N. ditissima-like isolates were carried out in 2009 on subalpine fir, white fir, and Norway spruce. Map pins (16 mm SHF top grip map pins, Palsboda, Sweden) were used to inoculate and easily trace the inoculation points. The pins were autoclaved and placed on potato dextrose agar (PDA) together with an agar plug (0.5 mm in diameter) from theNeonectria–culture to be tested. After approximately one week at room temperature the pins were covered with mycelium, and the needle tips were inserted into the bark or dormant buds (3 pins or more were inserted per plant – depending on the size and shape of the plant). As a control, unwounded trees or trees wounded by autoclaved map pins from sterile PDA were used. The fungus was pathogenic on all three fir species tested. Figure 7 shows symptoms on inoculated subalpine fir. Control trees showed no symptoms. Key words: Neonectria fuckeliana, Neonectria ditissima, Abies, Picea, Malus, Sorbus, Prunus.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Étiquettes directes de modèles (non validées)

Étiquettes de catégorie et de devis d'étude par modèle, issues des rondes d'étiquetage. C'est une sortie machine, non validée, et le désaccord entre modèles est livré comme donnée. Aucun devis ici n'est encore validé contre MEDLINE.

BrasCatégoriesDevis d'étudeConfiance
gemmaaucune catégorie
Domaine: non disponible · Genre: Empirique
Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non
Observationnellow
gptaucune catégorie
Domaine: non disponible · Genre: Empirique
Porte sur le système de recherche canadien: non · Porte sur un sujet canadien: non
Expérimental (laboratoire)low
modèles en désaccordL'accord compare des ensembles de catégories et des devis identiques entre les bras.

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,010
Score d'incertitude au seuil0,019

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,009
Tête enseignante GPT0,217
Écart entre enseignants0,208 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Étiqueté directement par 2 modèles lisant le dossier complet.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.

Les modèles divergent sur des parties de cette classification; chaque voix est préservée dans la section en fin de page.

Devis d'étudeObservationnel · Expérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations7
Publié2012
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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