DISTRIBUTION AND GENETIC VARIABILITY OF AVIAN HEPATITIS E VIRUS ON POULTRY FARMS IN ex-USSR
Notice bibliographique
Résumé
Russian commercial poultry industry is tightly tied to international trade. To date, avian hepatitis E virus (aHEV) has been isolated in Australia, US, Spain, Hungary, etc., being a serious threat to commercial poultry. In hens, aHEV affects liver and immune system, namely spleen and thymus, disrupting homeostasis and hematological parameters. In Russia, aHEV genetic identification was first reported in 2009, but the current epizootic situation in poultry remains to be unknown. In this paper we report the results of genetic analysis of 415 liver samples from hens and broiler chicks aged 4-56 weeks. The samples were obtained from 68 commercial farms in 36 regions of the Russian Federation and 4 commercial farms from Belarus, Kazakhstan and Ukraine during 2009 to 2012. A total of 14 isolates were detected and sequenced. Isolates of aHEV were detected in both clinically healthy and affected chickens. No agents causing similar clinical signs, i.e. leucosis virus, Marek's disease virus and adenovirus, were identified. In Russia, aHEV was isolated in Amurskaya, Vologodskaya, Ivanovskaya, Kaluzhskaya, Moskovskaya, Samarskaya, Saratovskaya provinces, and also in the Republic of Mari El. Ross 308 hens showed highest PCR-positive rates (8 of 14 isolates). According to RT-PCR analysis of capsid protein gene (ORF2), aHEV18198, aHEV19555, aHEV16211, aHEV18479 and aHEV18481 of 14 Russian isolates fall within European genotype 3. The aHEV16211, aHEV18479, aHEV18481 isolates are related to Chinese (China-09-G57), US (NY449, CA697A) and European (06-4582) isolates, and aHEV18198 and aHEV19555 are related to those from Australia and USA (Guelph01, CA518.3). Of 14 aHEV isolates studied, 7 samples formed a distinct genetic group. Two more isolates, aHEV18381 and aHEV18505, group outside the three genotypes described. Overall, the pool of HEV isolates identified in Russian chicken flocks consists of isolates belonging to European genotype 3 and isolates not yet assigned to a specific genotype. The analysis of genetic variability of aHEVs isolates from different countries strongly suggests that the current classification into genotypes by geographical origin should be revised.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».