Solution structure of the E3 ligase HOIL‐1 Ubl domain
Notice bibliographique
Résumé
The E3 ligases HOIL-1 and parkin are each comprised of an N-terminal ubiquitin-like (Ubl) domain followed by a zinc-binding region and C-terminal RING-In-between-RING-RING domains. These two proteins, involved in the ubiquitin-mediated degradation pathway, are the only two known E3 ligases to share this type of multidomain architecture. Further, the Ubl domain of both HOIL-1 and parkin has been shown to interact with the S5a subunit of the 26S proteasome. The solution structure of the HOIL-1 Ubl domain was solved using NMR spectroscopy to compare it with that of parkin to determine the structural elements responsible for S5a intermolecular interactions. The final ensemble of 20 structures had a β-grasp Ubl-fold with an overall backbone RMSD of 0.59 ± 0.10 Å in the structured regions between I55 and L131. HOIL-1 had a unique extension of both β1 and β2 sheets compared to parkin and other Ubl domains, a result of a four-residue insertion in this region. A similar 15-residue hydrophobic core in the HOIL-1 Ubl domain resulted in a comparable stability to the parkin Ubl, but significantly lower than that observed for ubiquitin. A comparison with parkin and other Ubl domains indicates that HOIL-1 likely uses a conserved hydrophobic patch (W58, V102, Y127, Y129) found on the β1 face, the β3-β4 loop and β5, as well as a C-terminal basic residue (R134) to recruit the S5a subunit as part of the ubiquitin-mediated proteolysis pathway.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».