The Complete Chloroplast Genome of the Chlorarachniophyte Bigelowiella natans: Evidence for Independent Origins of Chlorarachniophyte and Euglenid Secondary Endosymbionts
Notice bibliographique
Résumé
Chlorarachniophytes are amoeboflagellate cercozoans that acquired a plastid by secondary endosymbiosis. Chlorarachniophytes are the last major group of algae for which there is no completely sequenced plastid genome. Here we describe the 69.2-kbp chloroplast genome of the model chlorarachniophyte Bigelowiella natans. The genome is highly reduced in size compared with plastids of other photosynthetic algae and is closer in size to genomes of several nonphotosynthetic plastids. Unlike nonphotosynthetic plastids, however, the B. natans chloroplast genome has not sustained a massive loss of genes, and it retains nearly all of the functional photosynthesis-related genes represented in the genomes of other green algae. Instead, the genome is highly compacted and gene dense. The genes are organized with a strong strand bias, and several unusual rearrangements and inversions also characterize the genome; notably, an inversion in the small-subunit rRNA gene, a translocation of 3 genes in the major ribosomal protein operon, and the fragmentation of the cluster encoding the large photosystem proteins PsaA and PsaB. The chloroplast endosymbiont is known to be a green alga, but its evolutionary origin and relationship to other primary and secondary green plastids has been much debated. A recent hypothesis proposes that the endosymbionts of chlorarachniophytes and euglenids share a common origin (the Cabozoa hypothesis). We inferred phylogenies using individual and concatenated gene sequences for all genes in the genome. Concatenated gene phylogenies show a relationship between the B. natans plastid and the ulvophyte-trebouxiophyte-chlorophyte clade of green algae to the exclusion of Euglena. The B. natans plastid is thus not closely related to that of Euglena, which suggests that plastids originated independently in these 2 groups and the Cabozoa hypothesis is false.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».