Sequence analysis of the Choristoneura occidentalis granulovirus genome
Notice bibliographique
Résumé
The genome of the Choristoneura occidentalis granulovirus (ChocGV) isolated from the western spruce budworm, Choristoneura occidentalis, was sequenced completely. It was 104,710 bp long, with a 67.3% A+T content and contained 116 potential open reading frames (ORFs) covering 88.4% of the genome. Of these, 29 ORFs were conserved in all fully sequenced baculovirus genomes, 30 were GV-specific, 53 were present in some nucleopolyhedroviruses (NPVs) and/or GVs, three were common to ChocGV and Choristoneura fumiferana GV (ChfuGV) and one was so far unique. To date, ChocGV is the only GV identified that contains a homologue of the apoptosis inhibitor protein P35/P49, present in some group I NPVs. It is also the first GV without a Xestia c-nigrum GV ORF 26 homologue. Five homologous regions (hrs)/repeat regions, lacking typical NPV hr palindromes were identified. ChocGV hrs were similar to each other but not to other GV hrs. A 1.8 kb repeat region with a high A+T content (81%) and multiple repeats of 21-210 bp was found between choc36 and 37. This area resembled the non-homologous region origin of DNA replication (non-hr ori) identified in Cryptophlebia leucotreta GV (CrleGV) and Cydia pomonella GV (CpGV). Based on the mean amino acid identities of homologous proteins, ChocGV was closest to fully sequenced genomes CpGV (52.3%) and CrleGV (52.1%). The closest amino acid identity was to individual ORFs from the partially sequenced ChfuGV genome (97.2% in 38 ORFs). Phylogenetic analysis placed ChocGV in a clade with CrleGV and CpGV.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».