Evaluation of the INNO-LiPA HBV Genotyping Assay for Determination of Hepatitis B Virus Genotype
Notice bibliographique
Résumé
Specific genotypes of hepatitis B virus (HBV) are increasingly recognized for their clinical significance and association with particular viral mutations. Although many HBV genotyping methods exist, there has been no standardized or commercially available method for direct molecular typing of the HBV genome. A newly available line probe assay (INNO-LiPA HBV Genotyping assay; Innogenetics N.V., Ghent, Belgium) that allows the identification of HBV genotypes A to G was assessed by comparison with pre-S1/pre-S2 sequence analysis of the isolates in 188 serum specimens. All seven genotypes were detected by the line probe assay (LiPA), and complete concordance between LiPA and sequence analysis was observed for 152 specimens (81%). LiPA was able to detect 19 mixed genotype infections not detected by amplicon sequencing, which for the most part were confirmed by cloning and sequencing of the pre-S1/pre-S2 amplicon. Four specimens had discrepant results between the two methods, and five specimens had indeterminate results by LiPA. The HBV DNA in four specimens was unable to be amplified by the nested INNO-LiPA HBV DR amplification primers; however, the HBV DNA in six specimens unable to be genotyped by sequencing was clearly genotyped by LiPA. The INNO-LiPA HBV Genotyping assay appears to be useful for the rapid genotyping of HBV, particularly for the sensitive detection of mixed genotype infections.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,010 | 0,022 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».