Population structure of the endangered wood decay fungus <i>Phellinus nigrolimitatus</i> (Basidiomycota)
Notice bibliographique
Résumé
The population structure of five Fennoscandian geographic populations of the endangered wood-decay fungus Phellinus nigrolimitatus (Romell) Bourdot et Galzin was examined by analyses of nuclear ribosomal DNA (nrDNA) spacer sequences (ITS and IGS1) and a partial sequence of the elongation factor 1α gene (efa). A high level of sequence variation was observed in ITS and IGS1, suggesting restrictions in nrDNA homogenization in this taxon. Six polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) markers, five located in nrDNA and one in efa, suggest that the geographic populations are genetically very similar, presumably owing to recent gene flow. However, linkage disequilibria were obtained in 50% of the cases in tests between the five nrDNA PCR-RFLP markers. The calculated FST values from the linked nrDNA markers and the unlinked efa marker were congruent, ranging from 0.006 to 0.042. In one geographic population, the efa locus showed significant deviation from Hardy Weinberg expectations. Somatic incompatibility tests demonstrated that isolates derived from different basidiocarps and different logs belonged to different genets. In a microscale study including three logs, the independent assays of PCR-RFLP analysis and somatic incompatibility tests distinguished 10 genets. Life history traits and conservation status of P. nigrolimitatus are discussed in light of the results.Key words: Phellinus nigrolimitatus, population structure, somatic incompatibility, PCR-RFLP, nrDNA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».