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Enregistrement W2145657085 · doi:10.1158/1055-9965.epi-08-0317

Multiple Novel Prostate Cancer Predisposition Loci Confirmed by an International Study: The PRACTICAL Consortium

2008· article· en· W2145657085 sur OpenAlexaff
Zsofia Kote‐Jarai, Douglas F. Easton, Janet L. Stanford, Elaine A. Ostrander, Johanna Schleutker, Sue A. Ingles, Daniel J. Schaid, Stephen N. Thibodeau, Thilo Dörk, David E. Neal, Angela Cox, Christiane Maier, W. Vogel, Michelle Guy, Kenneth Muir, Artitaya Lophatananon, Mary-Anne Kedda, Amanda B. Spurdle, Suzanne K. Steginga, Esther M. John, Graham G. Giles, John L. Hopper, Pierre O. Chappuis, Pierre Hutter, William D. Foulkes, Nancy Hamel, Claudia A. Salinas, Joseph S. Koopmeiners, Danielle M. Karyadi, Bo Johanneson, Tiina Wahlfors, Teuvo L.J. Tammela, Mariana C. Stern, Román Corral, Shannon K. McDonnell, Peter Schürmann, Andreas Meyer, Rainer Kuefer, Daniel Leongamornlert, Malgorzata Tymrakiewicz, Jo‐Fen Liu, Tracy A. O’Mara, Robert A. Gardiner, Joanne F. Aitken, Amit D. Joshi, Gianluca Severi, Dallas R. English, Melissa C. Southey, Stephen M. Edwards, Ali Amin Al Olama, Rosalind A. Eeles

Notice bibliographique

RevueCancer Epidemiology Biomarkers & Prevention · 2008
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Associations and Epidemiology
Établissements canadiensMcGill University Health Centre
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteCancer Research UKRoyal Marsden NHS Foundation Trust
Mots-clésSingle-nucleotide polymorphismProstate cancerOdds ratioGenotypingConfidence intervalSNPAlleleOncologyGenotypeCancerPopulationBiologyInternal medicineGeneticsMedicineGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A recent genome-wide association study found that genetic variants on chromosomes 3, 6, 7, 10, 11, 19 and X were associated with prostate cancer risk. We evaluated the most significant single-nucleotide polymorphisms (SNP) in these loci using a worldwide consortium of 13 groups (PRACTICAL). Blood DNA from 7,370 prostate cancer cases and 5,742 male controls was analyzed by genotyping assays. Odds ratios (OR) associated with each genotype were estimated using unconditional logistic regression. Six of the seven SNPs showed clear evidence of association with prostate cancer (P = 0.0007-P = 10(-17)). For each of these six SNPs, the estimated per-allele OR was similar to those previously reported and ranged from 1.12 to 1.29. One SNP on 3p12 (rs2660753) showed a weaker association than previously reported [per-allele OR, 1.08 (95% confidence interval, 1.00-1.16; P = 0.06) versus 1.18 (95% confidence interval, 1.06-1.31)]. The combined risks associated with each pair of SNPs were consistent with a multiplicative risk model. Under this model, and in combination with previously reported SNPs on 8q and 17q, these loci explain 16% of the familial risk of the disease, and men in the top 10% of the risk distribution have a 2.1-fold increased risk relative to general population rates. This study provides strong confirmation of these susceptibility loci in multiple populations and shows that they make an important contribution to prostate cancer risk prediction.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,038
Score d'incertitude au seuil0,851

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,059
Tête enseignante GPT0,384
Écart entre enseignants0,325 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations162
Publié2008
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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