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Enregistrement W2145744991 · doi:10.1007/s00439-014-1500-y

Genome-wide association study for refractive astigmatism reveals genetic co-determination with spherical equivalent refractive error: the CREAM consortium

2014· review· en· W2145744991 sur OpenAlex
Li Q, Robert Wojciechowski, Claire L. Simpson, Pirro G. Hysi, Virginie J. M. Verhoeven, M. Kamran Ikram, René Höhn, Véronique Vitart, Alex W. Hewitt, Konrad Oexle, Kari-Matti Mäkelä, Stuart MacGregor, Mario Pirastu, Qiao Fan, Ching‐Yu Cheng, Beaté St Pourcain, George McMahon, John P. Kemp, Kate Northstone, Jugnoo S. Rahi, Phillippa Cumberland, Nicholas G. Martin, Paul G. Sanfilippo, Yi Lu, Ya Xing Wang, Caroline Hayward, Ozren Polašek, Harry Campbell, Goran Benčić, Alan F. Wright, Juho Wedenoja, Tanja Zeller, Arne Schillert, Alireza Mirshahi, Karl J. Lackner, Shea Ping Yip, Maurice Yap, Janina S. Ried, Christian Gieger, Federico Murgia, James F. Wilson, Brian W. Fleck, Seyhan Yazar, Johannes R. Vingerling, Albert Hofman, André G. Uitterlinden, Fernando Rivadeneira, Najaf Amin, Lennart C. Karssen, Ben A. Oostra, Xin Zhou, Yik-Ying Teo, E Shyong Tai, Eranga N. Vithana, Veluchamy A. Barathi, Yingfeng Zheng, Rosalynn Grace Siantar, Kumari Neelam, Youchan Shin, Janice Lam, Ekaterina Yonova‐Doing, Cristina Venturini, S. Mohsen Hosseini, Hoi-Suen Wong, Terho Lehtimäki, Mika Kähönen, Olli T. Raitakari, Nicholas J. Timpson, David M. Evans, Chiea Chuen Khor, Tin Aung, Terri L. Young, Paul Mitchell, Barbara E.K. Klein, Cornelia M. van Duijn, Thomas Meitinger, Jost B. Jonas, Paul N. Baird, David A. Mackey, Tien Yin Wong, Seang‐Mei Saw, Olavi Pärssinen, Dwight Stambolian, Christopher J. Hammond, Caroline C. W. Klaver, Cathy Williams, Andrew D. Paterson, Joan E. Bailey‐Wilson, Jeremy A. Guggenheim

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueHuman Genetics · 2014
Typereview
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueOphthalmology and Visual Impairment Studies
Établissements canadiensHospital for Sick Children
Organismes subventionnairesNational Eye InstituteMedical Research CouncilNational Institute for Health and Care ResearchWellcome Trust
Mots-clésGenome-wide association studyAstigmatismBiologyRefractive errorGenetic association1000 Genomes ProjectOdds ratioMeta-analysisPopulationDioptreGeneticsGenotypeOphthalmologySingle-nucleotide polymorphismDemographyInternal medicineMedicineOpticsVisual acuityGeneEye disease

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

To identify genetic variants associated with refractive astigmatism in the general population, meta-analyses of genome-wide association studies were performed for: White Europeans aged at least 25 years (20 cohorts, N = 31,968); Asian subjects aged at least 25 years (7 cohorts, N = 9,295); White Europeans aged <25 years (4 cohorts, N = 5,640); and all independent individuals from the above three samples combined with a sample of Chinese subjects aged <25 years (N = 45,931). Participants were classified as cases with refractive astigmatism if the average cylinder power in their two eyes was at least 1.00 diopter and as controls otherwise. Genome-wide association analysis was carried out for each cohort separately using logistic regression. Meta-analysis was conducted using a fixed effects model. In the older European group the most strongly associated marker was downstream of the neurexin-1 (NRXN1) gene (rs1401327, P = 3.92E-8). No other region reached genome-wide significance, and association signals were lower for the younger European group and Asian group. In the meta-analysis of all cohorts, no marker reached genome-wide significance: The most strongly associated regions were, NRXN1 (rs1401327, P = 2.93E-07), TOX (rs7823467, P = 3.47E-07) and LINC00340 (rs12212674, P = 1.49E-06). For 34 markers identified in prior GWAS for spherical equivalent refractive error, the beta coefficients for genotype versus spherical equivalent, and genotype versus refractive astigmatism, were highly correlated (r = -0.59, P = 2.10E-04). This work revealed no consistent or strong genetic signals for refractive astigmatism; however, the TOX gene region previously identified in GWAS for spherical equivalent refractive error was the second most strongly associated region. Analysis of additional markers provided evidence supporting widespread genetic co-susceptibility for spherical and astigmatic refractive errors.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,411
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,099
Tête enseignante GPT0,443
Écart entre enseignants0,343 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle