Altered endothelial gene expression associated with hereditary haemorrhagic telangiectasia
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Mutations in endoglin (ENG) and activin receptor-like kinase 1 (ALK-1 or ACVRL1) genes are the underlying basis of hereditary haemorrhagic telangiectasia (HHT) types 1 and 2, respectively. Both genes belong to the transforming growth factor-beta (TGF-beta) receptors superfamily and are expressed in endothelial cells. The current model for HHT is that ENG or ALK-1 haplo-insufficiency affects angiogenesis and predisposes to vascular dysplasia and arteriovenous malformations. MATERIALS AND METHODS: Using microarray technology, we compared human umbilical vein endothelial cells (HUVEC) from newborns with ENG or ALK-1 mutations to control cells to search for gene profiles associated with early stages of the disease. Real-time polymerase chain reaction and Western blot analysis were used to validate a subset of the modulated genes and functionally related genes. RESULTS: Our results indicate that HHT endothelial cells in vitro display several gene expression disturbances, including genes associated with the activation phase of angiogenesis, with cell guidance and intercellular connections, and also with the TGF-beta pathway. Hierarchical clustering using modulated genes enables discrimination between affected and non-affected samples. CONCLUSION: HHT HUVECs display gene modulations which can suggest that ENG and ALK-1 haplo-insufficiency induces compensatory regulatory mechanisms at the expression levels.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».