InVitro characterization of colistin resistance and transfer of neomycin resistance in Escherichia coli O149 strains
Notice bibliographique
Résumé
Neomycin, an aminoglycoside, is use at farm level for Escherichia coli treatment of piglets postweaning diarrhea, with 40% of unsuccessfully treatment due to the antimicrobial resistance.To overcome this situation, veterinarians use colistin also call polymyxin E, but this antibiotic is not homologated in Canada, even if it seems to be effective against E.coli.The described resistance to polymyxin is associated to a modification of the LPS core and the lipid A regions in the bacteria.For Salmonella, those modifications are associated to the two components system PmrA-PmrB.This system is known in E.coli but not yet reported to be implicated in colistin resistance.The neomycin resistance is linked to enzymatic modifications associated to genes located on plasmids.This study has for objectives to investigate the acquisition of colistin resistance and study the transfer of neomycin resistance between E.coli strains and other enterobacteria.E.coli O149 strains isolated from clinical cases (2008 to 2011) were used and susceptibility testing of strains was performed by the disk diffusion method.E-test and a micro-dilution method were used to determine the minimal inhibitory concentration (MIC) of colistin and neomycin respectively.All tested strains had a MIC higher than 128 ppm for neomycin whereas MICs were between 0.064 to 0.128 ppm for colistin, indicating that all strains were resistance to neomycin but all susceptible to colistin.In these isolates, neomycin antimicrobial resistance genes aac(3)-IV, apkA1 and aphA2 have been detected using PCR.Conjugation experiments are presently being performed.Colistin natural mutants (n=22) were created through serial passages on LB agar with 25xMIC.Sequencing of the PmrA-PmrB region of these mutants was performed to identify mutations.Three PmrA and seven PmrB mutations were for the first time reported in E.coli O149.Others mutants are still under investigation for other possible resistance mechanism.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».