Analysis of a New Family of Widely Distributed Metal-independent α-Mannosidases Provides Unique Insight into the Processing of N-Linked Glycans
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Notice bibliographique
Résumé
The modification of N-glycans by α-mannosidases is a process that is relevant to a large number of biologically important processes, including infection by microbial pathogens and colonization by microbial symbionts. At present, the described mannosidases specific for α1,6-mannose linkages are very limited in number. Through structural and functional analysis of two sequence-related enzymes, one from Streptococcus pneumoniae (SpGH125) and one from Clostridium perfringens (CpGH125), a new glycoside hydrolase family, GH125, is identified and characterized. Analysis of SpGH125 and CpGH125 reveal them to have exo-α1,6-mannosidase activity consistent with specificity for N-linked glycans having their α1,3-mannose branches removed. The x-ray crystal structures of SpGH125 and CpGH125 obtained in apo-, inhibitor-bound, and substrate-bound forms provide both mechanistic and molecular insight into how these proteins, which adopt an (α/α)(6)-fold, recognize and hydrolyze the α1,6-mannosidic bond by an inverting, metal-independent catalytic mechanism. A phylogenetic analysis of GH125 proteins reveals this to be a relatively large and widespread family found frequently in bacterial pathogens, bacterial human gut symbionts, and a variety of fungi. Based on these studies we predict this family of enzymes will primarily comprise such exo-α1,6-mannosidases.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle