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Enregistrement W2146144834 · doi:10.1093/jhered/esh021

Mean d2 and Divergence Time: Transformations and Standardizations

2004· article· en· W2146144834 sur OpenAlexafffund
Bryan D. Neff

Notice bibliographique

RevueJournal of Heredity · 2004
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic diversity and population structure
Établissements canadiensWestern UniversityNatural Sciences and Engineering Research Council
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaOntario Innovation Trust
Mots-clésBiologyHomoscedasticityOutbreeding depressionLoss of heterozygosityDivergence (linguistics)InbreedingInbreeding depressionEvolutionary biologyGeneticsStatisticsAlleleMathematicsPopulationGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The fitness consequences of inbreeding and outbreeding have intrigued biologists for a long time. Recently a measure of relatedness of parental haplotypes has been proposed called mean d(2). This measure is based on a stepwise mutational process and therefore is tailored to microsatellite genetic markers. Theoretical work suggests that mean d(2) typically is less suited for measuring fitness consequences due to close inbreeding rather than heterozygosity. However, mean d(2) may be more appropriate than heterozygosity for measuring divergence times over longer time scales and thus for detecting outbreeding depression. Here, simulations are used to (1). identify appropriate standardization coefficients and transformations for mean d(2), and (2). evaluate mean d(2) as a measure of divergence time of parental lineages over time scales up to 10000 generations. Results show that mean d(2) is a linear predictor of divergence time. The coefficient of variation of mean d(2) approaches a constant value with increasing divergence time and therefore logarithm transformation is appropriate to restore homoscedasticity. When mutation rates and sizes are known for each locus they can be incorporated into a standardization coefficient to increase the precision of mean d(2). As few as 10 loci can explain more than 70% of the variation in divergence time between lineages. While heterozygosity outperforms mean d(2) at detecting differences in divergence time over relative short time periods (<or=1000 generations), mean d(2) can outperform heterozygosity at detecting differences over longer time periods (>or=1000 generations). However, gene flow of as little as 1% per generation can significantly reduce the ability of either mean d(2) or heterozygosity to estimate divergence time.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,535
Score d'incertitude au seuil0,147

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,225
Écart entre enseignants0,218 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations18
Publié2004
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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