Notice bibliographique
Résumé
Abstract A set of putative novel small RNAs was recently identified as expressed in Enterococcus faecium, a major opportunistic pathogen involved in numerous healthcare-associated infections and hospital outbreaks. The aim of this study was to characterize the first functional analysis of one of them, srn0030, by phenotypic, genomic and transcriptomic approaches. By genomic analysis and RACE mapping, we revealed the presence of this RNA (previously designated as Ptet) within the 5’-untrasnlated region (UTR) of tet(M), a gene conferring tetracycline resistance through ribosomal protection. The regulatory mechanism has previously been described as transcriptional attenuation, but has actually been poorly characterized. Hence, we provide original additional data, especially the presence of three upstream transcripts of ~100, ~150 and ~230 nt within the 5’-UTR of tet(M), suggesting an alternative regulatory mechanism. The total deletion of these three transcripts causes an unexpected decreasing of tetracycline resistance in E. faecium. The attenuation mechanism was investigated, and we confirmed that the transcriptional read-through and tet(M) overexpression induced by tetracycline addition but the function of putative peptide leader on attenuation mechanism was not supported by our data. We report here new phenotypic and transcriptomic observations in E. faecium demonstrating an alternative regulatory mechanism of tet(M) gene expression.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».