Functional analysis of SleC from Clostridium difficile: an essential lytic transglycosylase involved in spore germination
Notice bibliographique
Résumé
Clostridium difficile is the most common cause of enteric disease and presents a major burden on healthcare systems globally due in part to the observed rapid rise in antibiotic resistance. The ability of C. difficile to form endospores is a key feature in the organism's pathogenesis and transmission, and contributes greatly to its resilient nature. Endospores are highly resistant to disinfection, allowing them to persist on hospital surfaces. In order for the organism to cause disease, the spores must germinate and revert to a vegetative form. While spore germination in Bacillus spp. is well understood, very little is known about this process in Clostridia. Here we report the characterization of SleC (CD0551) from C. difficile 630. Bioinformatic analysis of SleC indicated a multi-domained protein possessing a peptidoglycan-binding (PGB) domain, a SpoIID/LytB domain and an undefined N-terminal region. We have confirmed that SleC is an exo-acting lytic transglycosylase with the catalytic activity localized to the N-terminal region. Additionally, we have shown that both the N-terminal catalytic domain and the C-terminal PGB domain require muramyl-δ-lactam for substrate binding. As with carbohydrate-binding modules from cellulases and xylanases, the PGB domain may be responsible for increasing the processivity of SleC by concentrating the enzyme at the surface of the substrate.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».