Molecular thermodynamics of LNA:LNA base pairs and the hyperstabilizing effect of 5′‐proximal LNA:DNA base pairs
Notice bibliographique
Résumé
Locked nucleic acids (LNAs) can greatly enhance duplex DNA stability, and are therefore creating opportunities to improve therapeutics, as well as PCR‐based disease and pathogen diagnostics. Realizing the full potential of LNAs will require better understanding of their contributions to duplex stability, and the ability to predict their hydridization thermodynamics. Melting thermodynamics data for a large set of diverse duplexes containing LNAs in one or both strands are presented. Those data reveal that LNAs, when present on both strands, can stabilize a duplex not only through direct interaction with their base‐pair partner, but also through nonlocal hyperstablization effects created by LNA:LNA base pairs and/or specific patterns of oppositely oriented LNA:DNA base pairs. The data are, therefore, used to extend a thermodynamic model previously developed in our lab to permit accurate prediction of melting temperatures for duplexes bearing LNA substitutions within both strands using a classic group‐contribution approach. © 2015 American Institute of Chemical Engineers AIChE J , 61: 2711–2731, 2015
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».