Crystal Structure of Thermotoga maritima 0065, a Member of the IclR Transcriptional Factor Family
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Members of the IclR family of transcription regulators modulate signal-dependent expression of genes involved in carbon metabolism in bacteria and archaea. The Thermotoga maritima TM0065 gene codes for a protein (TM-IclR) that is homologous to the IclR family. We have determined the crystal structure of TM-IclR at 2.2 A resolution using MAD phasing and synchrotron radiation. The protein is composed of two domains: the N-terminal DNA-binding domain contains the winged helix-turn-helix motif, and the C-terminal presumed regulatory domain is involved in binding signal molecule. In a proposed signal-binding site, a bound Zn(2+) ion was found. In the crystal, TM-IclR forms a dimer through interactions between DNA-binding domains. In the dimer, the DNA-binding domains are 2-fold related, but the dimer is asymmetric with respect to the orientation of signal-binding domains. Crystal packing analysis showed that TM-IclR dimers form a tetramer through interactions exclusively by signal-binding domains. A model is proposed for binding of IclR-like factors to DNA, and it suggests that signal-dependent transcription regulation is accomplished by affecting an oligomerization state of IclR and therefore its affinity for DNA target.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,010 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle