Notice bibliographique
Résumé
The promise of DNA barcoding is based on a small DNA fragment divergence coinciding with biological species separation. Here we evaluated the performance of three markers as diatom barcodes, the small ribosomal subunit (1600 bp), a 5' end fragment of cytochrome c oxidase subunit 1 (430 bp), and the second internal transcribed spacer region combined with the 5.8S gene (5.8S + ITS-2, 300-400 bp). Forty-four sequences per marker representing 28 species from all diatom classes were analysed. Sequence alignment of the three genetic markers and uncorrected genetic distances (P) were calculated at the intra- and heterospecific level. All three markers correctly separated the species examined and had advantages which contribute to their feasibility as a DNA barcode. Small ribosomal subunit had the largest GenBank data set, its success rate in amplification and sequencing was assumed to be the highest of all three and was readily aligned. However, it required a long fragment to recover divergence sufficient for species separation and small genetic distances increased the potential for misidentifications. Cytochrome c oxidase subunit 1 demonstrated a substantial heterospecific divergence level and was also readily alignable, but it showed very low amplification and sequencing success rates with currently existing primers. 5.8S + ITS-2 was amplified and sequenced with high success rate and was the most variable of the three markers, but its secondary structure was needed to aid in alignment. However, since it has been recently suggested that ITS-2 may provide insight into sexual compatibility, this marker offers an additional advantage. We therefore propose that the 5.8S + ITS-2 fragment is the best candidate as a diatom DNA barcode.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,013 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,006 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».