Virulence, serotype and phylogenetic groups of diarrhoeagenic Escherichia coli isolated during digestive infections in Abidjan, Cte dIvoire
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
The virulence, serotype and phylogenetic traits of diarrhoeagenic Escherichia coli were detected in 502 strains isolated during digestive infections. Molecular detection of the target virulence genes, rfb gene of operon O and phylogenetic grouping genes Chua, yjaA and TSPE4.C2 was performed. Prevalence of strains harbouring virulent genes was 7.8%. The virulent genes eaeA, bfp, stx2, st1, lt, aggA, east1, ipaH, ial, cnf1 and afa were detected. EAEC (36%) and both EPEC and ATEC (25.6%) are the most detected pathovars (p<0.05). STEC (5.1%), NFEC (7.7) and DAEC (7.7) are less represented. Serogroups are overall diversified (89%), however, serogroups O157, O103 and O86, previously known to be associated with virulence were revealed. Most of the E. coli pathovars (53%) belonged to phylogenetic group A and in decreasing importance order, to D (23.5%), B1 (11.7%) and B2 (11.7%) groups. The study shows a diversified population of intestinal strains (84.6%), with a low phenotypic and phylogenetic link lower (p<0.05). Due to the great diversity of pathotypes, continuous monitoring should be implemented to identify risk factors and major pathways of contamination that help defining strategies to reduce infections associated with E. coli. Key words: Escherichia coli, virulence gene, serogroup, phylogenetic group, diversity.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle