Virulence, serotype and phylogenetic groups of diarrhoeagenic Escherichia coli isolated during digestive infections in Abidjan, Cte dIvoire
Notice bibliographique
Résumé
The virulence, serotype and phylogenetic traits of diarrhoeagenic Escherichia coli were detected in 502 strains isolated during digestive infections. Molecular detection of the target virulence genes, rfb gene of operon O and phylogenetic grouping genes Chua, yjaA and TSPE4.C2 was performed. Prevalence of strains harbouring virulent genes was 7.8%. The virulent genes eaeA, bfp, stx2, st1, lt, aggA, east1, ipaH, ial, cnf1 and afa were detected. EAEC (36%) and both EPEC and ATEC (25.6%) are the most detected pathovars (p<0.05). STEC (5.1%), NFEC (7.7) and DAEC (7.7) are less represented. Serogroups are overall diversified (89%), however, serogroups O157, O103 and O86, previously known to be associated with virulence were revealed. Most of the E. coli pathovars (53%) belonged to phylogenetic group A and in decreasing importance order, to D (23.5%), B1 (11.7%) and B2 (11.7%) groups. The study shows a diversified population of intestinal strains (84.6%), with a low phenotypic and phylogenetic link lower (p<0.05). Due to the great diversity of pathotypes, continuous monitoring should be implemented to identify risk factors and major pathways of contamination that help defining strategies to reduce infections associated with E. coli. Key words: Escherichia coli, virulence gene, serogroup, phylogenetic group, diversity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».