Functional and structural diversity in <scp>GH</scp> 62 α‐ <scp>L</scp> ‐arabinofuranosidases from the thermophilic fungus <scp> <i>S</i> </scp> <i>cytalidium thermophilum</i>
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
The genome of the thermophilic fungus Scytalidium thermophilum (strain CBS 625.91) harbours a wide range of genes involved in carbohydrate degradation, including three genes, abf62A, abf62B and abf62C, predicted to encode glycoside hydrolase family 62 (GH62) enzymes. Transcriptome analysis showed that only abf62A and abf62C are actively expressed during growth on diverse substrates including straws from barley, alfalfa, triticale and canola. The abf62A and abf62C genes were expressed in Escherichia coli and the resulting recombinant proteins were characterized. Calcium-free crystal structures of Abf62C in apo and xylotriose bound forms were determined to 1.23 and 1.48 Å resolution respectively. Site-directed mutagenesis confirmed Asp55, Asp171 and Glu230 as catalytic triad residues, and revealed the critical role of non-catalytic residues Asp194, Trp229 and Tyr338 in positioning the scissile α-L-arabinofuranoside bond at the catalytic site. Further, the +2R substrate-binding site residues Tyr168 and Asn339, as well as the +2NR residue Tyr226, are involved in accommodating long-chain xylan polymers. Overall, our structural and functional analysis highlights characteristic differences between Abf62A and Abf62C, which represent divergent subgroups in the GH62 family.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle