Intergenic Sequence Comparison of Escherichia coli Isolates Reveals Lifestyle Adaptations but Not Host Specificity
Notice bibliographique
Résumé
Establishing the risk of human infection is one of the goals of public health. For bacterial pathogens, the virulence and zoonotic potential can often be related to their host source. Escherichia coli bacteria are common contaminants of water associated with human recreation and consumption, and many strains are pathogenic. In this study, we analyzed three promoter-containing intergenic regions from 284 diverse E. coli isolates in an attempt to identify molecular signatures associated with specific host types. Promoter sequences controlling production of curli fimbriae, flagella, and nutrient import yielded a phylogenetic tree with isolates clustered by established phylogenetic grouping (A, B1, B2, and D) but not by host source. Virulence genes were more prevalent in groups B2 and D isolates and in human isolates. Group B1 isolates, primarily from nonhuman sources, were the most genetically similar, indicating that they lacked molecular adaptations to specific host environments and were likely host generalists. Conversely, B2 isolates, primarily from human sources, displayed greater genetic distances and were more likely to be host adapted. In agreement with these hypotheses, prevalence of σ(S) activity and the rdar morphotype, phenotypes associated with environmental survival, were significantly higher in B1 isolates than in B2 isolates. Based on our findings, we speculate that E. coli host specificity is not defined by genome-wide sequence changes but, rather, by the presence or absence of specific genes and associated promoter elements. Furthermore, the requirements for colonization of the human gastrointestinal tract may lead to E. coli lifestyle changes along with selection for increased virulence.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».