Signature proteins for the major clades of Cyanobacteria
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: The phylogeny and taxonomy of cyanobacteria is currently poorly understood due to paucity of reliable markers for identification and circumscription of its major clades. RESULTS: A combination of phylogenomic and protein signature based approaches was used to characterize the major clades of cyanobacteria. Phylogenetic trees were constructed for 44 cyanobacteria based on 44 conserved proteins. In parallel, Blastp searches were carried out on each ORF in the genomes of Synechococcus WH8102, Synechocystis PCC6803, Nostoc PCC7120, Synechococcus JA-3-3Ab, Prochlorococcus MIT9215 and Prochlor. marinus subsp. marinus CCMP1375 to identify proteins that are specific for various main clades of cyanobacteria. These studies have identified 39 proteins that are specific for all (or most) cyanobacteria and large numbers of proteins for other cyanobacterial clades. The identified signature proteins include: (i) 14 proteins for a deep branching clade (Clade A) of Gloebacter violaceus and two diazotrophic Synechococcus strains (JA-3-3Ab and JA2-3-B'a); (ii) 5 proteins that are present in all other cyanobacteria except those from Clade A; (iii) 60 proteins that are specific for a clade (Clade C) consisting of various marine unicellular cyanobacteria (viz. Synechococcus and Prochlorococcus); (iv) 14 and 19 signature proteins that are specific for the Clade C Synechococcus and Prochlorococcus strains, respectively; (v) 67 proteins that are specific for the Low B/A ecotype Prochlorococcus strains, containing lower ratio of chl b/a2 and adapted to growth at high light intensities; (vi) 65 and 8 proteins that are specific for the Nostocales and Chroococcales orders, respectively; and (vii) 22 and 9 proteins that are uniquely shared by various Nostocales and Oscillatoriales orders, or by these two orders and the Chroococcales, respectively. We also describe 3 conserved indels in flavoprotein, heme oxygenase and protochlorophyllide oxidoreductase proteins that are specific for either Clade C cyanobacteria or for various subclades of Prochlorococcus. Many other conserved indels for cyanobacterial clades have been described recently. CONCLUSIONS: These signature proteins and indels provide novel means for circumscription of various cyanobacterial clades in clear molecular terms. Their functional studies should lead to discovery of novel properties that are unique to these groups of cyanobacteria.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».