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Enregistrement W2147475006 · doi:10.1158/2326-6066.cir-13-0136

Large-Scale Evaluation of Common Variation in Regulatory T Cell–Related Genes and Ovarian Cancer Outcome

2014· article· en· W2147475006 sur OpenAlex
Bridget Charbonneau, Kirsten B. Moysich, Kimberly R. Kalli, Ann L. Oberg, Robert A. Vierkant, Zachary C. Fogarty, Matthew S. Block, Matthew J. Maurer, Krista M. Goergen, Brooke L. Fridley, Julie M. Cunningham, David N. Rider, Claudia C. Preston, Lynn C. Hartmann, Kate Lawrenson, Chen Wang, Jonathan P. Tyrer, Honglin Song, Anna DeFazio, Sharon E. Johnatty, Jennifer A. Doherty, Catherine M. Phelan, Thomas A. Sellers, Starr M. Ramirez, Allison F. Vitonis, Kathryn L. Terry, David Van Den Berg, Malcolm C. Pike, Anna H. Wu, Andrew Berchuck, Aleksandra Gentry‐Maharaj, Susan J. Ramus, Brenda Diergaarde, Howard C. Shen, Allan Jensen, Janusz Menkiszak, Cezary Cybulski, Jan Lubiński, Argyrios Ziogas, Joseph H. Rothstein, Valerie McGuire, Weiva Sieh, Jenny Lester, Christine Walsh, Ignace Vergote, Sandrina Lambrechts, Evelyn Despierre, Montserrat García‐Closas, Hannah Yang, Louise A. Brinton, Beata Śpiewankiewicz, Iwona K. Rzepecka, Agnieszka Dansonka‐Mieszkowska, Petra Seibold, Anja Rudolph, Lisa E. Paddock, Irene Orlow, Lene Lundvall, Sara H. Olson, Claus Høgdall, Ira Schwaab, Andreas du Bois, Philipp Harter, James M. Flanagan, Robert Brown, James Paul, Arif B. Ekici, Matthias W. Beckmann, Alexander Hein, Diana Eccles, Galina Lurie, Laura E. Hays, Yukie T. Bean, Tanja Pejović, Marc T. Goodman, Ian Campbell, Peter A. Fasching, Gottfried E. Konecny, Stanley B. Kaye, Florian Heitz, Estrid Høgdall, Elisa V. Bandera, Jenny Chang‐Claude, Jolanta Kupryjańczyk, Nicolas Wentzensen, Diether Lambrechts, Beth Y. Karlan, Alice S. Whittemore, Hoda Anton Culver, Jacek Gronwald, Douglas A. Levine, Susanne K. Kjær, Usha Menon, Joellen M. Schildkraut, Celeste Leigh Pearce, Daniel W. Cramer, Mary Anne Rossing, Georgia Chenevix‐Trench, Paul D.P. Pharoah, Simon A. Gayther, Roberta B. Ness, Kunle Odunsi, Lara E. Sucheston, Keith L. Knutson, Ellen L. Goode

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.
no affAucune affiliation canadienne : ce travail est invisible pour une base fondée sur la seule affiliation.
Aucune affiliation canadienne. Une base fondée sur la seule affiliation (le devis habituel) n'aurait jamais vu ce travail. C'est l'un des travaux qui justifient l'inversion de la base.

Notice bibliographique

RevueCancer Immunology Research · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueT-cell and B-cell Immunology
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Cancer InstituteCanadian Institutes of Health ResearchNational Institutes of HealthNational Institute of General Medical SciencesCancer Research UK
Mots-clésOvarian cancerCancerGeneBiologyScale (ratio)Variation (astronomy)OncologyMedicineComputational biologyCancer researchInternal medicineGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The presence of regulatory T cells (Treg) in solid tumors is known to play a role in patient survival in ovarian cancer and other malignancies. We assessed inherited genetic variations via 749 tag single-nucleotide polymorphisms (SNP) in 25 Treg-associated genes (CD28, CTLA4, FOXP3, IDO1, IL10, IL10RA, IL15, 1L17RA, IL23A, IL23R, IL2RA, IL6, IL6R, IL8, LGALS1, LGALS9, MAP3K8, STAT5A, STAT5B, TGFB1, TGFB2, TGFB3, TGFBR1, TGRBR2, and TGFBR3) in relation to ovarian cancer survival. We analyzed genotype and overall survival in 10,084 women with invasive epithelial ovarian cancer, including 5,248 high-grade serous, 1,452 endometrioid, 795 clear cell, and 661 mucinous carcinoma cases of European descent across 28 studies from the Ovarian Cancer Association Consortium (OCAC). The strongest associations were found for endometrioid carcinoma and IL2RA SNPs rs11256497 [HR, 1.42; 95% confidence interval (CI), 1.22-1.64; P = 5.7 × 10(-6)], rs791587 (HR, 1.36; 95% CI, 1.17-1.57; P = 6.2 × 10(-5)), rs2476491 (HR, = 1.40; 95% CI, 1.19-1.64; P = 5.6 × 10(-5)), and rs10795763 (HR, 1.35; 95% CI, 1.17-1.57; P = 7.9 × 10(-5)), and for clear cell carcinoma and CTLA4 SNP rs231775 (HR, 0.67; 95% CI, 0.54-0.82; P = 9.3 × 10(-5)) after adjustment for age, study site, population stratification, stage, grade, and oral contraceptive use. The rs231775 allele associated with improved survival in our study also results in an amino acid change in CTLA4 and previously has been reported to be associated with autoimmune conditions. Thus, we found evidence that SNPs in genes related to Tregs seem to play a role in ovarian cancer survival, particularly in patients with clear cell and endometrioid epithelial ovarian cancer.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,005
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesCharge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,489
Score d'incertitude au seuil0,999

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0050,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,051
Tête enseignante GPT0,353
Écart entre enseignants0,303 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle