The Phylogeny and Signature Sequences Characteristics of<i>Fibrobacteres</i>,<i>Chlorobi</i>, and<i>Bacteroidetes</i>
Notice bibliographique
Résumé
Fibrobacteres, Chlorobi, and Bacteroidetes (FCB group) comprise three main bacterial phyla recognized on the basis of 16S rRNA trees. Presently, there are no distinctive biochemical or molecular characteristics known that can distinguish these bacteria from other bacterial phyla. The relationship of these bacteria to other phyla is also not known. This review describes many signatures, consisting of defined and conserved inserts in widely distributed proteins, that provide distinctive molecular markers for these groups of bacteria. These signatures serve to clarify the evolutionary relationship between members of the FCB group, and to other bacterial phyla. A 4 aa insert in DNA Gyrase B (GyrB) and a 45 aa insert in the SecA proteins are uniquely shared by various Bacteroidetes species. The insert in GyrB is present in all Bacteroidetes species (>100) covering different orders and families, indicating that it is a distinctive characteristic of the group. Three signatures consisting of an 18 aa insert in ATPase alpha-subunit, an 8-9 aa insert in the FtsK protein and a 1 aa insert in the UvrB protein are commonly shared only by the Bacteroidetes and Chlorobi homologs providing evidence that these two groups are specifically related to each other. Two additional inserts in the RNA polymerase beta'-subunit (5-7 aa) and Serine hydroxymethyl-transferase (14-16 aa), which are commonly present in various Bacteroidetes, Chlorobi, and Fibrobacteres homologs, but not any other bacteria, provide evidence that these groups shared a common ancestor exclusive of all other bacteria. The FCB groups of bacteria are indicated to have diverged from this common ancestor in the following order: Fibrobacteres --> Chlorobi --> Bacteriodetes. The inferences from signature sequences are strongly supported by phylogenetic analyses. These observations suggest that the FCB groups of bacteria should be placed in a single phylum rather than three distinct phyla. Signature sequences in a number of other proteins provide evidence that the FCB group of bacteria diverged at a similar time as the Chlamydiae group, and that the Spirochetes and Aquificales groups are its closest relatives.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».