Complete sequences of a novel blaNDM-1-harbouring plasmid from Providencia rettgeri and an FII-type plasmid from Klebsiella pneumoniae identified in Canada
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: Emergence of plasmids harbouring bla(NDM-1) is a major public health concern due to their association with multidrug resistance and their potential mobility. METHODS: PCR was used to detect bla(NDM-1) from clinical isolates of Providencia rettgeri (PR) and Klebsiella pneumoniae (KP). Antimicrobial susceptibilities were determined using Vitek 2. The complete DNA sequence of two bla(NDM-1) plasmids (pPrY2001 and pKp11-42) was obtained using a 454-Genome Sequencer FLX. Contig assembly and gap closures were confirmed by PCR-based sequencing. Comparative analysis was done using BLASTn and BLASTp algorithms. RESULTS: Both clinical isolates were resistant to all β-lactams, carbapenems, aminoglycosides, ciprofloxacin and trimethoprim/sulfamethoxazole, and susceptible to tigecycline. Plasmid pPrY2001 (113 295 bp) was isolated from PR. It did not show significant homology to any known plasmid backbone and contained a truncated repA and novel repB. Two bla(NDM-1)-harbouring plasmids from Acinetobacter lwoffii (JQ001791 and JQ060896) shared 100% similarity to a 15 kb region that contained bla(NDM-1). pPrY2001 also contained a type II toxin/antitoxin system. pKp11-42 (146 695 bp) was isolated from KP. It contained multiple repA genes. The plasmid backbone had the highest homology to the IncFIIk plasmid type (51% coverage, 100% nucleotide identity). The bla(NDM-1) region was unique in that it was flanked upstream by IS3000 and downstream by a novel transposon designated Tn6229. pKp11-42 also contained a number of mutagenesis and plasmid stability proteins. CONCLUSIONS: pPrY2001 differed from all known plasmids due to its novel backbone and repB. pKp11-42 was similar to IncFIIk plasmids and contained a number of genes that aid in plasmid persistence.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».