Theoretical investigations of the dissociation of charged protein complexes in the gas phase
Notice bibliographique
Résumé
A series of calculations, varying from simple electrostatic to more detailed semi-empirical based molecular dynamics ones, were carried out on charged gas phase ions of the cytochrome c(') dimer. The energetics of differing charge states, charge partitionings, and charge configurations were examined in both the low and high charge regimes. As well, preliminary free energy calculations of dissociation barriers are presented. It is shown that one must always consider distributions of charge configurations, once protein relaxation effects are taken into account, and that no single configuration dominates. All these results also indicate that in the high charge limit, the dissociation of protein complex ions is governed by electrostatic repulsion from the net charges, the consequences of which are enumerated and discussed. There are two main trends deriving from this, namely that charges will move so as to approximately maintain constant surface charge density, and that the lowest barrier to dissociation is the one that produces fragment ions with equal charges. In particular, it is shown that the charge-to-mass ratio of a fragment ion is not the key physical parameter in predicting dissociation products. In fact, from the perspective of the division of total charge, many dissociation pathways reported to be "asymmetric" in the literature should be more properly labelled as "symmetric" or "near-symmetric". The Coulomb repulsion model assumes that the timescale for charge transfer is faster than that for protein structural changes, which in turn is faster than that for complex dissociation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».