Building biomedical web communities using a semantically aware content management system
Notice bibliographique
Résumé
Web-based biomedical communities are becoming an increasingly popular vehicle for sharing information amongst researchers and are fast gaining an online presence. However, information organization and exchange in such communities is usually unstructured, rendering interoperability between communities difficult. Furthermore, specialized software to create such communities at low cost-targeted at the specific common information requirements of biomedical researchers-has been largely lacking. At the same time, a growing number of biological knowledge bases and biomedical resources are being structured for the Semantic Web. Several groups are creating reference ontologies for the biomedical domain, actively publishing controlled vocabularies and making data available in Resource Description Framework (RDF) language. We have developed the Science Collaboration Framework (SCF) as a reusable platform for advanced structured online collaboration in biomedical research that leverages these ontologies and RDF resources. SCF supports structured 'Web 2.0' style community discourse amongst researchers, makes heterogeneous data resources available to the collaborating scientist, captures the semantics of the relationship among the resources and structures discourse around the resources. The first instance of the SCF framework is being used to create an open-access online community for stem cell research-StemBook (http://www.stembook.org). We believe that such a framework is required to achieve optimal productivity and leveraging of resources in interdisciplinary scientific research. We expect it to be particularly beneficial in highly interdisciplinary areas, such as neurodegenerative disease and neurorepair research, as well as having broad utility across the natural sciences.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,006 | 0,011 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,008 | 0,005 |
| Études des sciences et des technologies | 0,004 | 0,001 |
| Communication savante | 0,006 | 0,009 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,008 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».