The cantharelloid clade: dealing with incongruent gene trees and phylogenetic reconstruction methods
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
We reassessed the circumscription of the cantharelloid clade and identified monophyletic groups by using nLSU, nSSU, mtSSU and RPB2 sequence data. Results agreed with earlier studies that placed the genera Cantharellus, Craterellus, Hydnum, Clavulina, Membranomyces, Multiclavula, Sistotrema, Botryobasidium and the family Ceratobasidiaceae in that clade. Phylogenetic analyses support monophyly of all genera except Sistotrema, which was highly polyphyletic. Strongly supported monophyletic groups were: (i) Cantharellus-Craterellus, Hydnum, and the Sistotrema confluens group; (ii) Clavulina-Membranomyces and the S. brinkmannii-oblongisporum group, with Multiclavula being possibly sister of that clade; (iii) the Sistotrema eximum-octosporum group; (iv) Sistotrema adnatum and S. coronilla. Positions of Sistotrema raduloides and S. athelioides were unresolved, as were basal relationships. Botryobasidium was well supported as the sister taxon of all the above taxa, while Ceratobasidiaceae was the most basal lineage. The relationship between Tulasnella and members of the cantharelloid clade will require further scrutiny, although there is cumulative evidence that they are probably sister groups. The rates of molecular evolution of both the large and small nuclear ribosomal RNA genes (nuc-rDNA) are much higher in Cantharellus, Craterellus and Tulasnella than in the other cantharelloid taxa, and analyses of nuc-rDNA sequences strongly placed Tulasnella close to Cantharellus-Craterellus. In contrast analyses with RPB2 and mtSSU sequences placed Tulasnella at the base of the cantharelloid clade. Our attempt to reconstruct a "supertree" from tree topologies resulting from separate analyses that avoided phylogenetic reconstruction problems associated with missing data and/or unalignable sequences proved unsuccessful.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle