The Genetic Structure of Domestic Rabbits
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
Understanding the genetic structure of domestic species provides a window into the process of domestication and motivates the design of studies aimed at making links between genotype and phenotype. Rabbits exhibit exceptional phenotypic diversity, are of great commercial value, and serve as important animal models in biomedical research. Here, we provide the first comprehensive survey of nucleotide polymorphism and linkage disequilibrium (LD) within and among rabbit breeds. We resequenced 16 genomic regions in population samples of both wild and domestic rabbits and additional 35 fragments in 150 rabbits representing six commonly used breeds. Patterns of genetic variation suggest a single origin of domestication in wild populations from France, supporting historical records that place rabbit domestication in French monasteries. Levels of nucleotide diversity both within and among breeds were ~0.2%, but only 60% of the diversity present in wild populations from France was captured by domestic rabbits. Despite the recent origin of most breeds, levels of population differentiation were high (F(ST) = 17.9%), but the majority of polymorphisms were shared and thus transferable among breeds. Coalescent simulations suggest that domestication began with a small founding population of less than 1,200 individuals. Taking into account the complex demographic history of domestication with two successive bottlenecks, two loci showed deviations that were consistent with artificial selection, including GPC4, which is known to be associated with growth rates in humans. Levels of diversity were not significantly different between autosomal and X-linked loci, providing no evidence for differential contributions of males and females to the domesticated gene pool. The structure of LD differed substantially within and among breeds. Within breeds, LD extends over large genomic distances. Markers separated by 400 kb typically showed r(2) higher than 0.2, and some LD extended up to 3,200 kb. Much less LD was found among breeds. This advantageous LD structure holds great promise for reducing the interval of association in future mapping studies.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle